Vejetaryen tipi beslenmenin sağlık açısından bazı sakıncaları da var. Veganlarda gelişen B12 eksikliği, sinir sisteminde zayıflamaya yol açıyor.
Vejetaryen olmak her zaman sağlıklı bir yaşam tarzı sürdürüldüğü anlamına gelmez. Vejetaryenler besin çeşitliliklerini iyi ayarlayamazlarsa demir mineralini yetersiz alabilirler. Bunun sonucunda ise kansızlık görülmesi kaçınılmazdır. Vejetaryen diyetlerinde özellikle veganlarda B12 vitamini yetersizliği de anemiye neden olur ve sinir sisteminde geri dönüşü olmayan zararlar verir. Vejetaryenler, büyüme çağındaki çocuk ve gençler kalsiyumun iyi kaynakları olan süt ve ürünlerini yetersiz tükettiklerinde kemik sağlıkları riske girer. B12 vitamini eksikliği kalp-damar hastalıkları için de bir risk faktörüdür. Özellikle bebekler, çocuklar ve ergenlerde büyüme durur, gecikir, vücut ağırlığı azalmaya başlar. Vücut direnci azaldığından hastalıklara yakalanma olasılığı veya sıklığı artar, hastalıklar uzun sürer ve ağır seyreder. Günlük diyetin, gereksinme duyulan miktarda protein içermesi yeterli değildir. Vücudun birçok proteini sentezleyebilmesi için yenilen besinlerin yeterli çeşitte ve miktarda elzem aminoasitleri de içermesi gerekir. Hayvansal kaynaklı besinlerde elzem amino asitler, gereksinmeye uygun miktarlarda bulunurken; bitkisel kaynaklardan bazıları sınırlı bulundurur.